את תחום הכירורגיה ניתן לחלק על פי החלוקה המקובלת למחלקות המנתחות בבתי החולים:
כירורגיה כללית הכוללת בדרך כלל ניתוחי בטן (קיבה, תריסריון, מעי דק, מעי גס, כבד, לבלב), שד וטראומה
כירורגיה הפטוביליארית – ניתוחי כבד, כיס מרה ודרכי המרה
כירורגיית השתלות
נוירוכירורגיה – ניתוחי מח, עצבים ועמוד השדרה
אורתופדיה – ניתוחי הגפיים ועמוד השדרה
כירורגיית ילדים
כירורגיית פה ולסת
כירורגיית לב-חזה
כירורגיה פלסטית
כירורגיית כלי דם
כירורגיה של היד
אורולוגיה – דרכי השתן, איברי המין הזכריים.
אף אוזן גרון וניתוחי צוואר.
עיניים.
כירורגיה גניקולוגית – ניתוחי נשים, כולל ניתוח קיסרי.
כירורגיה בריאטרית – ניתוחי השמנת יתר.
ניתוחים כירורגיים כללים כוללים גם כריתת איברים.