את תחום הכירורגיה ניתן לחלק על פי החלוקה המקובלת למחלקות המנתחות בבתי החולים:

כירורגיה כללית הכוללת בדרך כלל ניתוחי בטן (קיבה, תריסריון, מעי דק, מעי גס, כבד, לבלב), שד וטראומה

כירורגיה הפטוביליארית – ניתוחי כבד, כיס מרה ודרכי המרה

כירורגיית השתלות

נוירוכירורגיה – ניתוחי מח, עצבים ועמוד השדרה

אורתופדיה – ניתוחי הגפיים ועמוד השדרה

כירורגיית ילדים

כירורגיית פה ולסת

כירורגיית לב-חזה

כירורגיה פלסטית

כירורגיית כלי דם

כירורגיה של היד

אורולוגיה – דרכי השתן, איברי המין הזכריים.

אף אוזן גרון וניתוחי צוואר.

עיניים.

כירורגיה גניקולוגית – ניתוחי נשים, כולל ניתוח קיסרי.

כירורגיה בריאטרית – ניתוחי השמנת יתר.

ניתוחים כירורגיים כללים כוללים גם כריתת איברים.